دانشگاه خاتم‌النبیین(ص) به‌منظور انجام وظایف و تحقق اهداف و رسالت خود دارای چهار معاونت به شرح زیر می‌باشد:
۱. معاونت تدریسی؛
۲. معاونت اداری و مالی؛
۳. معاونت تحقیقات و فن‌آوری؛
۴. معاونت فرهنگی و اطلاع‌رسانی.
طی مراسمی با حضور مسئولین بخش‌ها، اساتید و کارمندان این دانشگاه، آقایان دکتر علی‌احمد مکارم به‌عنوان معاون تدریسی، استاد علی‌شاه حسنی به‌عنوان معاون اداری و مالی، دکتر سیدیوسف موسوی به‌عنوان معاون تحقیقات و فن‌آوری و جناب حاج یاسر محسنی به‌عنوان معاون فرهنگی و اطلاع‌رسانی از سوی ریاست محترم دانشگاه معرفی گردیدند. رییس محترم دانشگاه جناب آقای دکتر عبدالقیوم سجادی ضمن بیان اهمیت معاونت‌ها در راستای اهداف و سیاست‌گذاری دانشگاه از یک‌سو و سهم‌گیری فعال دانشگاه در توسعه و پیش‌رفت‌های علمی، فرهنگی و تحقیقی کشور از جانب دیگر، بر برنامه‌ریزی دقیق و تدوین پلان‌های عملیاتی معاونت‌ها و انسجام درونی و هماهنگی بیش‌تر کلیه‌ی همکاران تاکید نمود. دکتر سجادی آمادگی سهام‌داران دانشگاه را جهت حمایت از برنامه‌ها و پلان‌های انکشافی و سازنده‌ی معاونت‌ها و همکاران دانشگاه اعلام داشت.