در کشور عزیز ما افغانستان آن عده از هموطنان ما که در مناطق روستایی و دور دست زندگی می‌کنند از خدمات صحی مناسب، از جمله در  بخش دندان به‌صورت علمی و مسلکی آن برخورداد نیستند و تا کنون به‌صورت تجربه‌ای و توسط افراد غیر مسلکی مورد مداوا قرار می‌گیرندکه عملیه‌های انجام شده توسط این افراد غیر مسلکی در بخش دندان سبب ضرر به صحت مردم شده و از جانب دیگر باعث  انتقال امراض ویروسی و انتانی در بین مردم می‌شود.

از طرف دیگر در شهرهای کشور عزیز ما تعدادی از تکنیسین‌ها و پروتیزین‌ها بعد از دو سال دوره‌ی تحصیلی به خدمات صحی در بخش دندان می‌پردازند که از دانش و تجارب کافی برخوردار نیستند تا خدمات استندرد و معیاری را به‌هموطنان ما انجام دهند.

خدمات صحی در بخش دندان چه در شهرها و چه درمناطق  روستایی و درو افتاده نه چندان کارآمد بوده بلکه باعث انتفال امراض ویروسی و انتانی به مردم می‌شود.

با توجه به اینکه در بخش دندان تا به حال صرف یک دانشکده در چوکات دانشگاه طبی کابل در سطح کل کشور در آموزش دوکتوران جوان در حال فعالیت  بوده که فارغین این دانشکده برای انجام خدمات صحی در بخش دندان را در کشور عزیز ما کافی نیست، لذا دانشگاه خاتم‌النبیین‌^(ص) لازم دانسته تا دانشکده را تحت عنوان دانشکده دندان (ستوماتولوژی) در چوکات دانشگاه خاتم‌النبیین‌^(ص) ایجاد کنند تا به آموزش کدرهای متعهد و متخصص در این بخش پرداخته  و در تربیه این کدر در کشور پیشگام باشد. این کدروظیفه دارد تا در آینده‌ی نزدیک  به خدمات صحی  معیاری و استندرد در بخش دندان بپردازند و تمام هموطنان ما که در شهرها و در مناطق دوردست  زندگی می‌کنند از خدمات معیاری در بخش دندان برخوردار شده و از تعداد شیوع امراض انتانی و ویروسی و دیگر صدمات صحی را  که توسط افراد غیر مسلکی متقبل می‌شوند کاهدش دهند.

این دانشکده را دانشگاه خاتم‌النبیین‌^(ص) عملاً در سال ۱۳۹۵ با جواز رسمی نمبر  ۱۸۱/۱۸۲   و مکتوب  وزارت محترم تحصیلات عالی کشور ایجاد کرده است.

رشته‌ی تکنالوژی طبی شاخه‌ی از علوم طبی است که در ارتباط با تشخیص بیماری‌ها با انجام آزمایشات در لابراتوار‌های تخصصی مانند لابراتوار خون شناسی، ایمنولوژی و سرولوژی، بیوشیمی و میکروبیولوژی و… می‌باشد. این رشته با نام تکنالوژی طبی در دانشگاه‌‌های جهان آموزش داده می شود. مدت زمان تحصیل در این رشته چهار سال می‌باشد و مدرک لیسانس تکنالوژی طبی به دانشجو تعلق می‌گیرد. دانشگاه خاتم النبیین^(ص) اولین دانشگاهی است که این رشته را در مقطع لیسانس راه اندازی نموده است. کسانی که از این رشته فارغ التحصیل می‌شوند به صورت مسلکی علوم لابراتواری را فرا می‌گیرند.

رشته‌ی تکنالوژی طبی در سال ۱۳۹۱ در دانشگاه خاتم النبیین ^(ص) راه اندازی شد. دانشکده تکنالوژی طبی تلاش دارد، هر سال بر ارتقای کیفیت آموزش دانشجویان در دروس تئوری و عملی بیفزاید؛ در این راستا در زمینه‌ی جذب هیئت علمی متخصص، برگزاری دوره‌های علمی، سمینارها، کنفرانس‌ها و ورکشاپ‌ها برای آشنایی با متون نوین تشخیصی، تهیه مواد و  تجهیزات آزمایشگاهی مطابق به استندرد بین‌المللی و نیاز ملی و در قسمت انجام کارهای تحقیقاتی پیشرفت چشم‌گیری داشته است.

دانشکده کامپیوتر ساینس دانشگاه خاتم النبیین^(ص) در سال۱۳۹۰ با مجوز رسمی وزارت محترم تحصیلات عالی جمهوری اسلامی افغانستان تأسیس شد. این دانشکده به هدف آموزش نیروی متخصص در زمینه​‌های زیر ایجاد شده است:​

1. توسعه و مدیریت سیستم‏‌های نرم افزاری؛
2. طراحی، اجرا و مدیریت شبکه‌‏های کمپیوتری درسطوح مختلف؛
3. طراحی، ساخت و مدیریت سیستم‌​های معلوماتی(دیتابیس)؛
4. اجرای پروژه‌‏های صفحات وب و تعلیم زبان​‌های برنامه نویسی مختلف؛
5. همراهی با علوم و تکنولوژی​‌های روز در حوزه کامپیوتر.

این دانشکده از دو دیپارتمنت مهندسی نرم‌افزار و تکنالوژی معلوماتی برخوردار است. در برنامه‌های آموزشی دیپارتمنت مهندسی نرم‌افزار آنچه از اهمیت ویژه برخودار است تربیت  و آموزش نیروی ورزیده و مسلکی است که از توانمندی علمی و فنی مرتبط با این رشته برخودار باشد. در این دانشکده دو دیپارتمنت مهندسی نرم‌افزار و تکنالوژی معلوماتی فعالی می‌باشد.

دانشکده انجنیری دانشگاه خاتم النبیین (ص) به عنوان یکی از رشته های اساسی در سال ۱۳۹۰ در چوکات تشکیلات دانشگاه خاتم النبیین (ص) شروع به فعالیت نمود. دانشکده انجنیری مصمم است تا بهترین زمینه را برای تربیت نیروهای متعهد و متخصص متناسب با معیار های جهانی و نیاز های بنیادین کشور فراهم ساخته و نقش بارز را  در توسعه علمی و آبادی کشور داشته باشد.  این دانشکده با در اختیار داشتن کادر علمی توانمند و مجرب، و فضاها، امکانات، تجهیزات لابراتواری  و امکانات تحقیقاتی مناسب، از جایگاه ویژه‌ای به‌خصوص در سطح کشور برخوردار بوده و افتخار دارد که تا اکنون توانسته است به تعداد (۱۶۴) تن از دانشجویان توانمند، متعهد و متخصص، خلاق و متفکر را درطی سه دوره آموزشی در رشته های تخصصی سیول و برق تربیت، و به جامعه تقدیم نماید.

دانشکده فقه و حقوق، اولین دانشکده دانشگاه خاتم‌النبیین^(ص) است که در سال ۱۳۸۶، به‌منظور تعلیم و تربیت شیفتگان و تشنگان بینش فقه اسلامی، و دانش حقوق انسانی تشکیل و در واقع بنای اصلی دانشگاه با این دانشکده تهداب‌گذاری گردید. این دانشکده از بدو تاسیس با ریاست دکتر سید عبداللطیف سجادی و تلاش‌ها و زحمات پیگیر و خستگی‌ناپذیر ایشان  فعالیت نمود و  توانست سهم عمده‌ای در توفیقات، دستاوردها و افتخارات دانشگاه ایفا نماید. تدوین اولین نصاب تحصیلی دنشگاه در این دانشکده و تایید آن در دانشکده شرعیات دانشگاه کابل، ساماندهی و رسیدگی به امور اداری دانشکده، استادان و دانشجویان، مشارکت فعال در برنامه‌ها، جلسات سطح دانشگاه و ارایه طرح و مشورت‌های سازنده برای رونق بهتر امور مربوط به دانشگاه و خدمت در کرسی تدریس به‌عنوان عضو هیأت علمی دانشگاه در مقاطع لیسانس و ماستری رشته فقه و حقوق دانشگاه از خدمات ارزنده دکتر سید عبداللطیف سجادی به‌عنوان رئیس در اولین دانشکده این دانشگاه است. در حال حاضر صدها دانشجوی اندیشمند و متعهد و جویای دانش و ارزش در این دانشکده در مقطع لیسانس و دوره ماستری مشغول به فراگیری علم فقه و حقوق می‌باشند. آموزش حقوق در غیاب آگاهی فقهی، تحصیل گسسته از پایه می‌­نماید و اشخاصی می­‌توانند از ماده­‌های قانونی ادراک و استنباط درست و ارزنده داشته باشند که از مسایل فقهی آگاهی لازم را داشته باشند. به همین جهت، این دانشکده، متون و قواعد فقهی را به اندازه نیاز در دروس اصلی و اختیاری حقوق گنجانده و عنوان «دانشکده فقه و حقوق» یافته است. دروس رشته فقه و حقوق، در مقاطع لیسانس و ماستری به صورت زیر ارایه می‌شود:

در مقطع لیسانس، دانشجویان موظف هستند حد اقل ۱۳۶ واحد درسی را در مدت ۸ سمستر بگذرانند. هم­چنین دانشجویان دوره لیسانس موظف است که در سال پایانی تحصیل،تحقیق پایانی یا  «مونوگراف» خود را در یکی از موضوعات مرتبط با رشته تحت نظارت و راهنمایی استاد راهنما تدوین نماید. پس از بررسی تحقیق پایانی و تایید آن از سوی دانشکده دانشجو رسما فارغ می‌گردد. دروس مقطع لیسانس در دانشکده فقه و حقوق به نحوی تنظیم و ارایه می‌شود که دانشجو، از نظر علمی توانایی می­یابد منصب قضا، وکالت و مشاورت حقوقی را عهده­دار گردد.

دانشکده فقه و حقوق پس از چندین دور فراغت و با اکمال شرایط توانست، در سال تحصیلی ۱۳۹۲ مجوز وزارت محترم تحصیلات عالی افغانستان جهت برگزاری دوره ماستری در رشته‌های حقوق جزا و حقوق بین‌الملل را کسب نماید. مجموع واحدهای دوره ماستری ۴۰ و احد درسی است که طی چهار سمستر ارایه می‌گردد. دانشجویان این رشته پس از گذراندن موفقانه این دوره موظف هستند تا تزس ماستری خود را تحت اشراف استاد راهنمای مصوب تدوین و دفاع نماید.

دانشکده علوم سیاسی، دومین دانشکده‌ی دانشگاه خاتم‌النبیین^(ص) است که در سال ۱۳۸۸، فعالیت خود را آغاز نمود. در حال حاضر برنامه‌های آموزشی این دانشکده در دو مقطع لیسانس و فوق لیسانس ارایه می‌گردد. این دانشکده بیش از ده دوره فراغت در دوره لیسانس و شش دوره فراغت از دوره ماستری را در کار نامه خود دارد. در حال حاضر دیپارتمنت روابط بین‌الملل از جمله دیپارتمنت‌های فعال این دانشکده است و با برخورداری از اساتید برجسته روابط بین‌الملل جایگاه بلندی را در کشور به خود اختصاص داده است. این دیپارتمنت، افزون بر بهره‌گیری از تدریس و همکاری علمی استادان قراردادی، دارای اعضای هیأت علمی دایمی با برخورداری از رتبه‌های علمی بلند و درجه تحصیلی دکتری می‌باشد.

دانشکده  علوم سیاسی با برخورداری از اساتید توانمند و اعضای هیأت علمی تمام وقت، در عرصه انجام تحقیقات علمی نیز دارای دستاوردهای ارزشمندی بوده است. تدوین چندین عنوان کتاب درسی و کمک درسی، انجام چندین پروژه تحقیقاتی، چاب و نشر فصلنامه علمی-پژوهشی علوم سیاسی، برگزاری سمینارهای علمی در موضوعات مختلف علوم سیاسی و روابط بین‌الملل، چاب چندین شماره فصلنامه علمی دانشجویی از جمله دستاوردهای ارزشمند این دانشکده است.

دانشکده اقتصاد دانشگاه خاتم‌النبیین^(ص)، با هدف تولید دانش و تربیت نیروهای متخصص در زمینه نظریه پردازی، مدیریت کلان اقتصاد ملی و فراغت کادرهای مدیریتی برای ادارات دولتی و بخش‌های خصوصی، در تاریخ ۱۵/۱۲/۱۳۸۸ با مجوز رسمی از وزارت محترم تحصیلات عالی افغانستان تأسیس و راه اندازی شده و در بهار ۱۳۸۹ اقدام به جذب و پذیرش محصل نمود. این دانشکده دارای دو دیپارتمنت(رشته) بوده و برنامه‌های آموزشی در سطح لیسانس در تایم‌های روزانه، نیم‌روزی و شبانه را در رشته‌های اقتصاد و مدیریت تجارت برگزار می‌کند. این پوهنحی تا کنون چندین دوره فارغ التحصیل داشته که تعدادی از آنان هم اکنون به عنوان استاد در پوهنتون های مختلف مشغول به خدمت می باشند.

دانشکده علوم اجتماعی دانشگاه خاتم النبیین^(ص)،  با هدف تولید دانش و تربیت نیروهای متخصص در دو بخش:

1. نظریه پردازی، در حوزه علوم اجتماعی با رویکرد ایجاد درک و شناخت درست از معضلات اجتماعی و ارائه راهکار برای حل معضلات و گرفتاری اجتماعی،
2. نظریه پردازی در حوزۀ مباحث اجتماعی، اعتقادی در پرتو آموزش علوم قرآن و فهم عمیق از معارف قرآنی تأسیس شد. ( این دانشکده درطول سال ۱۴۰۱ با دانشکده اقتصاد و مدیریت ادغام شد شد. و سپس در بهار ۱۴۰۲ از هم تفکیک شد).

دانشکده علوم اجتماعی در سال ۱۳۸۸ با مجوز رسمی شماره (۳۱۸۸/۲۵۸۲) از وزارت محترم تحصیلات عالی افغانستان تأسیس و در همان سال ۱۳۸۹ اقدام به جذب و پذیرش محصل در رشته جامعه شناسی نمود. این دانشکده در سال ۱۳۹۰ مجوز دیپارتمنت علوم قرآنی به شماره (۲۵۸۱) را نیز از وزارت محترم تحصیلات عالی اخذ کرده و درهمان سال در این رشته دانشجو جذب نمودند. این دانشکده دارای دو دیپارتمنت علوم قرآنی و معارف اسلامی و عمومی است ولی با توجه به ممانعت از حضور خواهران دیپارتمنت علوم قرآنی تا جذب جدید و شروع کلاس های علوم قرآنی تعلیق شد.