دانشگاه خاتم‌النبیین^(ص) به‌عنوان یکی از مراکز علمی و اکادمیک کشور طی ده سال فعالیت علمی خویش با دستاوردها  و افتخارات علمی ارزشمند همراه بوده است. این مرکز علمی خصوصی که اینک پس از ده سال فعالیت علمی در عرصه‌ی آموزش و پژوهش در جایگاه برتر قرار دارد، در اولین ارزیابی علمی وزارت محترم تحصیلات عالی دولت جمهوری اسلامی افغانستان توانست در میان چهار دانشگاه‌ برگزیده‌ی خصوصی کشور پس از دانشگاه آمریکایی افغانستان در جایگاه برتر قرار گیرد.

دانشگاه خاتم‌النبیین^(ص) در دو مرکز کابل و غزنی در عرصه‌های مختلف فعالیت‌های علمی در طی مدت ده سال فعالیت خویش، با برخورداری از کادر علمی توانمند و برجسته افتخارات علمی و تحقیقی را به جامعه‌ی علمی کشور تقدیم نماید. اینک بخشی از این افتخارات به اطلاع صاحبان خرد واندیشه و علاقمندان به تحصیلات عالی قرار داده می‌شود.

1. احراز جایگاه برتر و دوم در برنامه‌ی ارزیابی وزارت محترم تحصیلات عالی. این ارزیابی نشان می‌دهد که دانشگاه خاتم‌النبیین^(ص) در میان دانشگاه‌های برگزیده‌ی خصوصی کشور، حایز نمره اول و با احتساب دانشگاه امریکایی افغانستان حایز رتبه دوم گردید.
2. تقدیم بیش از شش دوره فراغت در دوره‌ی لیسانس در رشته‌های مختلف علوم فنی، طبی و علوم اجتماعی (حقوق، علوم سیاسی، اقتصاد و مدیریت، علوم قرآن و حدیث، کامپیوترساینس و جامعه شناسی) و تقدیم دو دوره فارغین در مقطع ماستری و فوق لیسانس در رشته‌های حقوق جزاء و جرم شناسی، حقوق بین‌الملل و روابط بین‌الملل.
3. تربیت و تامین نیروی انسانی در ادرات دولتی و مراکز علمی. بیش از ۴۰ فی‌صد فارغین این دانشگاه که از دوره‌ی لیسانس فارغ گردیده اند، اینک در مراکز مختلف علمی و اداری کشور مشغول فعالیت و خدمت می‌باشند و تعداد بیست  تن از فارغین دوره‌ی ماستری این دانشگاه در مراکز تحصیلات عالی کشور مشغول تدریس و فعالیت‌های اکادمیک هستند.
4. احراز مقام برتر در بخش پژوهش و تحقیقات علمی. دانشگاه خاتم‌النبیین^(ص) توانسته تا کنون در جشنواره‌های علمی محمود طرزی در سه مرحله افتخار برترین آثار تحقیقی را از آن خود سازد. هم‌چنین در بخش مسابقات علمی دانشجویی نیز این دانشگاه در جایگاه برتر و اول قرار گرفت.
5. در عرصه‌ی نشر و چاب کتاب درسی و متون آموزشی نیز دانشگاه خاتم‌النبیین^(ص) توانست طی ده سال فعالیت علمی خویش در زمینه‌های حقوق و علوم سیاسی، اقتصاد و مدیریت پنج مورد کتاب درسی و متن آموزشی را به خانواده‌ی تحصیلات عالی کشور تقدیم نماید.
6. در بخش ارتقای ظرفیت علمی اساتید وکادرعلمی نیز دانشگاه خاتم‌النبیین^(ص) پیشگام بوده است. این دانشگاه در حال حاضر بیش از شصت نفر کادر علمی مجرب و توانمند با درجه‌ی علمی دکترای تخصصی و ماستری در اختیار دارد و برای اولین بار تدریس در تحصیلات عالی را با اساتید برخوردار از درجه‌ی ماستری در کشور را پایه‌گزاری نمود. اجرای بیش از ده مورد بورسیه دکترا برای اساتید محترم از افتخارات این مرکز علمی است.
7. اعزام بیش از صد دانشجو در رشته‌های مختلف برای بورسیه‌ی دوره‌ی ماستری در خارج از کشور از دیگر افتخارات علمی این مرکز محسوب می‌شود. این بورسیه‌ها برای دانشجویان فارغ ‌التحصیل دانشگاه از طریق تفاهم‌نامه‌ی رسمی با دانشگاه‌های خارجی تهیه و به اجراء گذارده شد.