معاونت تدريسی در سازمان مرکزی دانشگاه موقعیت داشته و مسئولیت رسیدگی به امور آموزشی و اجرايی مربوط را در سطح دانشگاه؛ اعم از مرکز و شعبات بر عهده دارد. اين معاونت برای رسیدگی بهتر به وظايف خود دارای واحدهای علمی, اجرايی و کمیته‌های خاص به اين قرار می‌باشد:
الف. واحدهای علمی مرتبط با معاونت تدريسی را دانشکده‌ها و شعبه‌ها تشکیل می‌دهند که در حال حاضر، دانشگاه خاتم النبیین(ص) دارای سه شعبه و چهارده دانشکده می‌باشد. شعبه‌های دانشگاه عبارتند از:
- شعبه مرکزی متشکل از شش دانشکده (فقه و حقوق, علوم سیاسی, اقتصاد و مديريت, علوم اجتماعی, انجنیری, کمپیوترساينس).
- شعبه علوم طبی متشکل از چهار دانشکده (طب معالجوی, طب دندان, قابلگی, تکنالوژی طبی).
- شعبه غزنی متشکل از چهار دانشکده (حقوق, علوم سیاسی, اقتصاد, طب معالجوی).
ب. واحدهای اجرايی مستقر در سازمان مرکزی دانشگاه که با نظارت مستقیم معاون تدريسی انجام وظیفه می‌کنند, عبارتند از:
- دفتر معاون تدريسی.
- آمريت امور محصلان.
- آمريت پلان و پالیسی.
- آمريت امور اساتید.
- آمريت برنامه‌های فوق لیسانس.
ج. شوراها و کمیته‌های خاص که با رياست معاون تدريسی تشکیل جلسه داده و انجام وظیفه می‌کنند, عبارتند از:
شورای آموزش.
- کمیته تضمین کیفیت.
- کمیته نصاب تحصیلی.
- کمیته تثبیت و ترفیع رتبه.
- کمیته کنکور.
شخصي به حیث معاون تدریسي تعیین میشود که حداقل داراي درجه تحصیلي دکتري و تجربه آکادمیک و اداري کافي بوده از اعضاي هیأت علمي دانشگاه باشد. در حال حاضر, جناب آقای علیشاه حسنی؛ دارای درجه تحصیلی دکترای تخصصی در رشته حقوق عمومی, معاون تدریسی دانشگاه می‌باشد. نام‌برده دانش آموخته دانشگاه شهیدبهشتی (تهران) در رشته يادشده و دارای آثار متعدد علمی و تجربه کار در ادارات دولتی و غیردولتی است.
وظایف معاون تدریسي
- انجام وظایف رئیس دانشگاه در غیاب وي.
- رهبري و پیشبرد امور تدریسي و محصلان.
- اجراآت لازم در مورد تقرر, ترفیع و انفکاک اعضاي کادر علمي و استخدام استادان خارج کادر و ارائه آن به رییس دانشگاه جهت طرح در شوراي عالي جهت تصمیم‌گیري.
- ارزيابي نصاب تحصیلي و عیار نمودن آن مطابق خواست زمان از طریق مراجع مربوط.
- نظارت بر تطبیق نصاب تحصیلي توسط شعبه‌ها و دانشکده‌ها.
- طرح تقویم آکادمیک دانشگاه و ارائه آن به شوراي عالي براي تصویب.
- ریاست شوراي آموزش و کمیته‌هاي خاص که حسب مورد و ضرورت ایجاد مي‌شود.
- اجراآت در زمینه پذیرش محصلان نوشمول، برگزاري امتحان شمول و انفکاک محصلان طبق اسناد تقنیني مربوط.
- اجراآت لازم در تهیه و صدور اسناد فراغت و کارت هویت محصلان.
- گزارش از اجراآت خویش به رئیس دانشگاه و شوراي عالي.
- نظارت بر فعالیت نیروهاي اداري و اجرایي زیر مجموعه معاونت علمي- تدریسي.
- سایر وظایفي که طبق ایجابات خاص وظیفوي به‌طور قانوني به معاون علمي سپرده میشود.